Des les annees 1950, Gisele Halimi milite pour l'independance de son pays, la Tunisie, mais aussi pour celle de l'Algerie. A partir de 1956, elle est l’avocate de condamnes algeriens dans une affaire de condamnation sur des aveux extorques, voire imposes, a quarante-quatre detenus dont dix-sept femmes, puis denonce les tortures pratiquees par l'armee francaise et defend les militants du Mouvement national algerien poursuivis par la justice francaise. Elle vit alors chichement dans un deux-pieces du 10e arrondissement de Paris avec ses deux fils. Entre 1956 et 1957, avec l'avocat communiste Leo Matarasso, elle parvient a mettre en cause des autopsies truquees d'un medecin qui reconnaitra ses declarations mensongeres. Elle devient l'une des principaux avocats du Front de liberation nationale (FLN) algerien, ce qui lui vaut d'etre arretee et brievement detenue, et se voit menacee de mort, ce qui est alors pris tres au serieux par les services de police
A partir de 1960, elle prend la defense de Djamila Boupacha, militante du FLN, accusee d'avoir depose une bombe dans un snack-bar d'Alger, puis torturee et violee, en detention, par des soldats francais. Gisele Halimi axe sa defense sur l'invalidite des aveux obtenus sous la torture, et grace a l'accord de Djamila Boupacha, fait publiquement etat de son viol, et porte plainte contre X. Pour la premiere fois pour un proces de ce type, des medecins gynecologues sont convoques comme experts. Gisele Halimi ne peut assister au premier proces prevu devant le tribunal militaire, et doit donc y deleguer un de ses correspondants en Algerie, Me Pierre Garrigues , qui est assassine a Alger le 1er mars 1962. Devant les entraves juridiques, elle porte plainte contre le general Ailleret, commandant superieur des forces armees en Algerie et Pierre Messmer, ministre des Armees, pour violation des droits constitutionnels de sa cliente. Les deux hauts responsables sont inculpes pour forfaiture, ce qui mediatise le dossier. Elle obtient par ailleurs le depaysement du proces a Caen, et mobilise ses reseaux pour former un comite de defense15 qui collecte les fonds necessaires pour financer le rapatriement en France. Ce proces sera notamment defendu dans les colonnes du journal Le Monde par l'ecrivaine et philosophe Simone de Beauvoir qui, dans la foulee, coecrit avec Gisele Halimi Djamila Boupacha, ouvrage qui obtient de nombreux soutiens et la participation de grands noms. Le portrait de Djamila Boupacha au crayon sur papier date du 8 decembre 1961 par Pablo Picasso est publie le 8 fevrier 1962 a la une du magazine Les Lettres francaises et figure le meme mois aux editions Gallimardd en regard de la page de titre du livre. Ce dessin, qui aurait contribue a sauver Djamila Boupacha de la peine de mort , estime a quatre-cent millions de dollars, appartient aujourd'hui a un collectionneur americain22. Condamnee a mort en France le 28 juin 1961, Djamila Boupacha est amnistiee a la suite des dispositions prises par les accords d'Evian19 et liberee le 21 avril 1962